Cooper có hai người anh trai cùng mẹ khác cha, Leopold Stanislaus "Stan" Stokowski (sinh 1950), và Christopher Stokowski (sinh 1952), là kết quả của cuộc hôn nhân 10 năm giữa Gloria Vanderbilt và nhạc trưởng Leopold Stokowski.[36]

Ông từng nói với Oprah Winfrey—trong khi quảng bá cuốn sách của minh—rằng ông từng mắc chứng khó đọc khi còn nhỏ.[37] Tháng 8 năm 2007, ông xác nhận về "chứng khó đọc nhẹ" của mình trên chương trình The Tonight Show với Jay Leno, cũng là một người từng mắc chứng này.

Cooper là một người công khai đồng tính; theo The New York Times, ông là "nhà báo đồng tính công khai nổi bật nhất trên truyền hình Mỹ."[38] Cooper đã tránh bàn luận về đời sống riêng tư của mình trong các cuộc phỏng vấn trong nhiều năm.Dù vậy, ngày 2 tháng 7 năm 2012, ông cho phép Andrew Sullivan công bố một bức thư điện tử, trong đó viết rằng:

Tôi đã bắt đầu cân nhắc về việc liệu những hậu quả không lường trước được của việc giữ kín đời sống riêng của mình có lấn át những nguyên tắc cá nhân và công việc không. Tôi đã nhận ra rằng, tiếp tục im lặng về đời sống cá nhân của mình lâu như vậy có nghĩa là tôi đang thể hiện với mọi người rằng mình đang giấu điều gì dó—điều gì làm cho tôi cảm thấy khó chịu, xấu hổ hay thậm chí là sợ hãi. Điều này thật buồn bị đơn giản là nó không đúng.... Thực ra là, tôi đồng tính, luôn như vậy, sẽ luôn như vậy, và tôi không thể hạnh phúc hơn, không thể thoải mãi hơn và tự hào hơn với bản thân.[39]

Cooper cùng bạn trai mình, chủ quán bar đồng tính Benjamin Maisani, đã hẹn hò từ năm 2009.[1] Cooper đã cân nhắc công khai chuyện khi hôn nhân đồng giới được hợp pháp hóa tại New York tháng 7 năm 2011.[40] Năm 2014, cặp đôi đã mua Rye House, một căn nhà cổ tại Connecticut.[41] CEO Apple Tim Cook đã xin lời khuyên của Cooper trước khi quyết định công khai chuyện đồng tính của mình.[42]

Năm 2014, Cooper xuất hiện trên chương trình Finding Your Roots do Henry Louis Gates dẫn chương trình, trong đó ông biết được về một người trong tổ tiên mình, Burwell Boykin, từng là một chủ nô từ miền Nam.[43][44]